Nguồn gốc của Daitō-ryū kéo dài suốt một dòng truyền thừa được kéo dài khoảng 900 năm, bắt nguồn từ Shinra Saburō Minamoto no Yoshimitsu (新羅 三郎 源 義光, 1045–1127), người là một samurai của gia tộc Minamoto, và là thành viên của gia tộc Seiwa Genji (nhánh của gia tộc Minamoto là hậu duệ Thiên hoàng thứ 56 của Nhật Bản, Thiên hoàng Seiwa).[2] Daitō-ryū lấy tên từ dinh thự mà Yoshimitsu sống khi còn bé, được gọi là "Daitō" (大東 (Đại Đông), "Daitō"?), ở tỉnh Ōmi (ngày nay thuộc Shiga).[3] Theo truyền thuyết, Yoshimitsu đã giải phẫu những thi thể của những người đàn ông bị giết trên chiến trường, nghiên cứu giải phẫu học của họ với mục đích học các kỹ thuật đánh bằng khóa khớp và huyệt vị quan trọng (kyūsho-jitsu).[4]

Yoshimitsu trước đây đã nghiên cứu bộ môn võ thuật tay không tegoi, một môn phái thuỷ tổ của môn thể thao quốc gia sumo của Nhật Bản, và bổ sung những gì ông học được vào võ thuật của mình. Ông cuối cùng định cư tại tỉnh Kai (ngày nay thuộc Yamanashi), và truyền lại những gì ông đã nghiên cứu được trong nội bộ gia đình. Cuối cùng, chắt trai của Yoshimitsu là Nobuyoshi đặt lại tên họ của mình là "Takeda", tên này đã trở thành tên của gia tộc tới ngày nay. Gia tộc Takeda ở lại tỉnh Kai cho đến thời Takeda Shingen (武田 信玄, 1521–1573). Shingen phản đối Tokugawa Ieyasu và Oda Nobunaga trong chiến dịch thống nhất và kiểm soát toàn bộ Nhật Bản. Với cái chết của Shingen và người thừa kế, Takeda Katsuyori (武田 勝頼, 1546–1582), gia tộc Takeda chuyển đến phiên Aizu (một khu vực bao gồm một phần ba khu vực phía tây của Fukushima).[3]

Mặc dù những sự kiện này khiến gia tộc Takeda mất đi một số quyền lực và ảnh hưởng của mình, họ vẫn có mối liên kết với tầng lớp cầm quyền của Nhật Bản. Quan trọng hơn, việc di chuyển đến Aizu và các sự kiện tiếp theo đã định hình sâu sắc các yếu tố mà sau này trở thành môn phái Daitō-ryū Aiki-jūjutsu trong thế kỷ 19. Một sự kiện quan trọng là việc nhận nuôi cháu trai của Tokugawa Ieyasu là Komatsumaru (1611-1673), bởi Takeda Kenshoin (con gái thứ tư của Takeda Shingen). Komatsumaru cống hiến cả cuộc đời mình cho việc nghiên cứu võ thuật của gia tộc Takeda, và sau đó được Hoshina Masamitsu nhận nuôi. Komatsumaru đổi tên thành Hoshina Masayuki (保 科 正 之), và năm 1644 được bổ nhiệm làm thống đốc Aizu. Ở vị trí thống đốc, ông buộc tất cả những người cai trị tiếp theo của Aizu phải nghiên cứu hệ phái võ thuật Ono-ha Ittō-ryū (mà bản thân ông là bậc thầy), cũng như võ thuật oshikiuchi, một môn võ mà ông đã phát triển cho các cố vấn và người hầu cận của Mạc phủ, được phát triển với điều kiện bên trong cung điện. Những môn võ thuật này đã được đưa vào và được dạy kèm với võ thuật của gia tộc Takeda.[3]

Theo truyền thống của Daitō-ryū, võ thuật này được Takeda Sokaku bắt đầu dạy cho những người không phải là thành viên của gia tộc vào cuối thế kỷ 19. Takeda cũng đã nghiên cứu kiếm thuật và thương thuật với cha mình, Takeda Sokichi, cũng như Kashima Shinden Jikishinkage-ryū như một uchi-deshi (môn sinh sống nội trú) do kiếm sĩ nổi tiếng Sakakibara Kenkichi giảng dạy.[5] Trong suốt cuộc đời, Sokaku đã du hành khắp nơi để đạt được mục tiêu bảo tồn truyền thống của gia tộc bằng cách truyền bá Daitō-ryū ra khắp Nhật Bản.[4]

Con trai thứ ba của Takeda Sokaku là Takeda Tokimune (武田 時宗, 1916–1993), trở thành đạo chủ của môn võ thuật sau khi Sokaku qua đời vào năm 1943. Tokimune dạy môn võ mà ông gọi là "Daitō-ryū Aikibudō" (大東流合気武道 (Đại Đông lưu Hiệp khí võ đạo), "Daitō-ryū Aikibudō"?), một môn võ bao gồm các kỹ thuật về kiếm của phái Ono-ha Ittō-ryū cùng với các kỹ thuật truyền thống của Daitō-ryū Aiki-jūjutsu. Dưới sự lãnh đạo của Tokimune, hệ thống phân hạng theo dan hiện đại cũng lần đầu tiên được tạo ra và trao cho các môn sinh của Daitō-ryū. Takeda Tokimune mất năm 1993, dẫn đến việc không có người kế tục chính thức, nhưng một vài môn sinh cấp cao, như Kondo Katsuyuki (近藤 勝之 1945–) và Kato Shigemitsu, hiện đang đứng đầu các tổ chức về Daitō-ryū Aiki-jūjutsu của riêng mình.[6]